Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) Universitas Indonesia Timur dibentuk berdasarkan SK Rektor Nomor :297-SK/R-UIT/A/III/2015 dimana Tugas utama LPM adalah mengembangkan dokumen sistem penjaminan mutu pendidikan tinggi berdasarkan konsep berupa mengkoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik. fungsi dari LPM itu sendiri sebagai Pelaksanaan penyusunan rencana, evaluasi program dan anggaran, serta pelaporan,Pelaksanaan pengembangan mutu akademik, Pelaksanaan audit, pemantauan, dan penilaian mutu akademik dan Pelaksanaan administrasi lembaga. Universitas Indonesia Timur dalam mengelola dan mengendalikan fungsi-fungsi sistem manajemen mutu di seluruh unit/level manajemen UIT yaitu dengan menjalankan fungsi Monitoring dan Evaluasi Internal melalui mekanisme Audit Mutu Internal (AMI) untuk memastikan bahwa setiap unit telah menjalankan proses penjaminan mutu berdasarkan visi-misinya. Untuk itu, LPM bertanggungjawab untuk melakukan proses pendampingan, asistensi dan evaluasi hasil pengembangan dokumen akreditasi bagi setiap program studi dalam lingkungan UIT Untuk menjalankan sistem penjaminan mutu tersebut, LPM dalam menjalankan SPMI maka UIT mengadopsi dan mengembangkan SPMI dari Kemenristik Dikti dan sistem manajemen mutu menggunakan standar ISO 9001 mengadopsi standar ISO ini berdasarkan pertimbangan karena ruang lingkup sistem penjaminannya cukup komprehensif . Ruang lingkup dokumen sistem mutu yang dikembangkan meliputi seluruh unit/level dalam institusi, yang secara garis besar, terdiri dari 2 (dua) aspek yaitu penjaminan mutu manajemen dan penjaminan mutu akademik. Tujuan peningkatan mutu akademik yakni untuk memastikan bahwa lulusan memiliki kompetensi dan pengalaman belajar sesuai visi misi yang dirumuskan dalam Spesifikasi Program Studi dengan tingkat efisiensi edukasi (rata-rata masa studi dan IPK) yang optimal, serta menjalankan program penelitian dan pengabdian yang sesuai dengan tuntutan masyarakat. Peningkatan mutu di UIT dimaksudkan untuk meningkatkan mutu pengelolaan, administrasi, manajemen dan akademik sehingga dapat meningkatkan kepuasan stakeholders.